Efter ankomsten til København blev hun stillet til rådighed for den danske regering. Hun blev sendt til Argentina for at hente en last korn og returnerede til København den 31. marts 1940. Den 1. april blev hun sendt til Nakskov Skibsværft med henblik på almindelig, periodisk vedligeholdelse.
Jutlandia var i tørdok, da Tyskland angreb og besatte Danmark den 9. april 1940. På grund af mangel på dieselolie blev Jutlandia ikke beslaglagt af tyskerne, men blev lagt op ved Slotø, tæt på skibsværftet sammen med to af ØK’s andre motorskibe, Java og Falstria. Alle 3 skibe havde kun en minimal besætning om bord til at varetage almindelig vedligeholdelse.
Her blev hun ind til krigens slutning på trods af et allieret luftangreb 3. maj 1945. Ved angebet blev Java sænket, Falstria fik en oversvømmelse og kom i brand. Jutlandia slap med nogle kuglehuller og en mindre brand i et lastrum.
Jutlandia var fuldt sødygtig igen den 11. august 1945 og vendte tilbage til rutetrafik, nu mellem Europa og østkysten af USA.
